La rebelión de Anastasio Aquino.

 Una de las causas de la derrota de los liberales y la disolución de la Federación Centroamericana fue su

Anticlericalismo, el fuerte sentimiento provinciano de cada región, y además la aprobación de una serie de leyes que provocaron reacciones negativas entre la población indígena. Las Cortes de Cádiz habían suprimido en 1812 los tributos de los pueblos indios. Cada vez que se querían implantar de nuevo, surgían reacciones negativas en las comunidades indígenas. Cuando Mariano Prado como Jefe de Estado de El Salvador introdujo el sistema de jurados y un nuevo impuesto que tenían que pagar todos los ciudadanos, se produjeron levantamientos en Izalco y San Miguel, produciéndose en 1833 la sublevación de los indígenas nonualcos, acaudillados por Anastasio Aquino, en la población de Santiago Nonualco en el actual departamento de La Paz. Para atrapar al rebelde, se propuso perdón a las vidas de quienes revelaran su paradero. A pesar de que hubo negativa de sus parciales, hubo alguien que lo traicionó y logró ser capturado el 23 de abril. [ ]Aquino sería trasladado a Zacatecoluca donde fue juzgado y condenado a muerte. En la ciudad de San Vicente se ejecutó la pena por decapitación. La cabeza del insurrecto fue colocada en una jaula con el rótulo: "ejemplo de revoltosos".

A raíz de todos estos sucesos, los estados fueron decidiendo, uno a uno, abandonar la federación. Cuando concluyó el período presidencial de Morazán en 1839 ya no hubo nuevas elecciones. La República Federal de Centroamérica había muerto.