LA REPUBLICA FEDERAL.

Los primeros años habían sido difíciles, pero en 1824, al proclamarse las constituciones de los estados y de la Federación, se empezaron a colocar los cimientos del edificio del estado en Centroamérica. Los dos años siguientes parecían promisorios, pues se instaló un congreso federal, se eligió en 1825 al salvadoreño Manuel José Arce como presidente de la Federación, y se empezaron a establecer relaciones con las potencias extranjeras (Inglaterra, Estados Unidos y Holanda enviaron diplomáticos para establecer relaciones con el nuevo país).

Pero debido a las grandes diferencias entre las regiones, entre liberales y conservadores, y entre políticos individuales, estalló el conflicto. Arce trató de conciliar las diferentes facciones; pero en ambos bandos, liberales y conservadores, había individuos radicales que rechazaban el acuerdo con el otro lado. El mismo Arce, que resulto electo con los votos liberales, se vio en la necesidad de apoyarse en los conservadores para intentar gobernar.

En 1826 el gobierno de Arce se enfrentó con el gobierno liberal del Estado de Guatemala, estallando la guerra civil en toda Centroamérica con excepción de Costa Rica. La guerra duró hasta 1829. Los liberales se unieron en torno del hondureño Francisco Morazán, quien logró derrotar militarmente a las tropas federales y expulsó de Centroamérica a Arce, en 1829; siendo electo como Presidente de la Federación en 1830.

El Estado de El Salvador se dio su propia Constitución el 22 de junio de 1824, siendo jefe de Estado, el independentista Juan Manuel Rodríguez. Desde la época colonial existía gran recelo entre las élites de San Salvador y Guatemala y luego de la independencia, se produjo una abierta confrontación. Mientras el gobierno de la República Federal residió en Guatemala, hubo numerosos enfrentamientos entre éste y el gobierno estatal de El Salvador. En 1827 estalla la guerra entre el gobierno del Estado de El Salvador y el gobierno federal de Arce. En 1830 los salvadoreños eligen a José María Cornejo, un conservador, como Jefe de Estado, quien se opone al nuevo presidente federal Morazán y llega hasta declarar la separación del Estado salvadoreño de la Federación. Morazán con sus tropas federales entraron a San Salvador, destituyendo a Cornejo y dejando en el poder a Mariano Prado, quien al poco tiempo es sustituido por Joaquín de San Martín, que de nuevo anuncia la separación de la Federación. Morazán entonces invadió El Salvador y trasladó la capital federal a San Salvador, en 1834. Luego del traslado a San Salvador del gobierno federal y hasta 1840, Morazán impuso un fuerte control sobre el gobierno del Estado de El Salvador. En 1837 Rafael Carrera, apoyado por el clero y los conservadores de Guatemala, se levantó en armas desde Quetzaltenango contra la Federación. Carrera derrotó a Morazán, quien abandonó San Salvador en 1840, rumbo a Costa Rica. Tras el exilio de Morazán, se instaló un nuevo gobierno conservador en El Salvador, presidido por Juan Nepomuceno Lindo.